Les brevets logiciels menacent le logiciel libre, mais pas seulement : les PME qui travaillent dans l'informatique ne pourront jamais déposer assez de brevets pour se protéger des grandes multinationales, les brevets deviennent ainsi un frein à l'innovation.
Avec l'adoption du brevetage sur les logiciels, les logiciels libres deviendront illégaux. En effet, soit l'auteur de logiciel libre utilise une idée déjà brevetée, soit il doit breveter son idée : mais il n'en n'aura sans doute pas les moyens.
Plus grave encore, toutes les innovations apportées par des développeurs bénévoles (c'est le mode de fonctionnement des logiciels libres) pourront être brevetées et de ce fait détournées par de grandes sociétés de logiciels.
Ceci annonce en quelque sorte la mort de « l'artisanat informatique ».

Pour plus d'information sur les brevets logiciels:
Brevets logiciels en Europe : mieux comprendre et appréhender les enjeux

Pour suivre l'évolution de la question au jour le jour :
Brevets / Logiciels